Руткит он на то и руткит, что скрывает себя в системе. Соответственно, после запуска он сможет подсовывать вместо себя валидный файл с нужной контрольной суммой и скрывать себя в списке модулей. Следовательно, грамотно написанный руткит не выловится таким способом и ни о каких гарантиях речи быть не может. Фолсы могут быть при обновлении софта.