Если у тебя /home монтируется на отдельный раздел, то проблем не возникнет, если его не трогать при установке.
Достаточно будет установить тот же набор программ и они прозрачно подхватят все настройки.
Если нет, то экспериментировать с parted, создать новый раздел, перенести данные /home на него и поправить текст в /etc/fstab, ну или просто слить на внешний диск данные.