Если у юзера будет доступ на запись в этот каталог - троян и туда залезет со всеми вытекающими. Если ваш бэкап будет состоять только из одного "слепка" - после шифрования вы имеете все шансы перезатереть всю информацию мусором.
FindWindow и/или FindWindowEx для поиска нужного окна. SetWindowPos или MoveWindow для перемещения и изменения размеров. Для запуска других программ посмотрите в сторону subprocess.
Берете готовые реализации MD5 и SHA1, используете их. Если же вы не ищете легких путей - делаете свои реализации указанных алгоритмов (хехе) и далее см. п. 1.
У вас есть два варианта: учиться самому или таскать к специалистам. Самому чистить можно, но цена ошибки может быть высока. Это не смазка, а термопаста. Лучше использовать белую термопасту типа Алсил или КПТ-8, а не серебряную.
Скорее всего с другой стороны платы чип и это с шансами фильтрующий конденсатор по питанию, работать без него, я думаю, будет. А что там еще - другой вопрос...