railstutorial.ru/chapters/4_0/beginning
www.nodebeginner.ru
На питоне есть еще джанго
Если интересует именно пхп, то, вроде, вот такую ссылку где-то видел:
https://getjump.github.io/ru-php-the-right-way/
Или, как вариант для пхп, - getting started популярных фреймворков - laravel, symphony, yii ... (не спец)
Сам же, много лет назад, начинал с
irbis-team.com
Делать "самописный сайт", я считаю неправильным подходом.
Лучше начать с конкретного фреймворка на конкретном языке. И работать со всеми современными плюшками - системы контроля версий, генераторы командной строки, менеджеры зависимостей и т.д... Работать, возможно, лучше в юниксе (linux или мак)
Да, поначалу может казаться, что вы далеко от реального программирования (пока настроете весь софт: гит, менеджеры, линукс, если с ним работать) - но в итоге будет приходить понимание, как все работает.
Так же, если начинать с фреймворка - будет приятно, что результат - не хелловорлд (по первой ссылке за пару дней можно сделать аналог твиттера). И если начать разбираться, как что работает - в первый ссылках поисковика можно найти почти все ответы благодаря огромному сообществу.