дело в этой строчке
<div class="navbar navbar-inverse navbar-fixed-top">
navbar-fixed-top привязывает блок к окну браузера (position: fixed), т.е. блок у вас вообще вне потока документа
если хотите вернуть блок в поток, то замените
navbar-fixed-top на
navbar-static-top, либо вообще удалите этот класс, тогда блок получит дефолтное отображение
ссылка на доку где можно посмотреть все три варианта отображения навбара