исходя из опыта прикидывать примерное количество часов на разработку - умножать на свою почасовую ставку - корректировать по формуле Бобука и давать такой эстимейт.
Либо давать точные эстимейты на типовые проекты, основываясь на предыдущих работах, и предупреждать клиентов, что правки НЕ багов, а вкусовщины оплачиваются.