Twelfth Doctor

Возможно, Вам стоит узнать, какой контейнер использует этот том и выполнить docker exec -it CONTAINER_NAME /bin/bash
Вы попадете в консоль контейнера и сможете отредактировать файлы, лежащие в томе.

upstream должен быть вне server

upstream php-fpm
  {
    # PHP5-FPM сервер
    server unix:/var/run/php5-fpm.sock;
  }
server
{
  include common/upstream;
  include common/php-fpm;
  include common/cache;
  listen	80;
  listen	443	ssl;	# использовать шифрование для этого порта
  root			/var/www/phalcon/public;
  index			index.php index.html index.htm;
  server_name		stuffplace.ru www.stuffplace.ru;
   ...
}

И зачем Вам upstream, если Вы пишете

location ~ \.php$ {
        try_files     $uri =404;
        fastcgi_pass  127.0.0.1:9000;
        fastcgi_index /index.php;

Удалить:
pip3 uninstall kivy
Обновить:
pip3 install --upgrade kivy

Установка IDLE:
sudo apt-get install idle3
Установить Python3.6 лучше из стороннего репозитория

sudo add-apt-repository ppa:jonathonf/python-3.6
sudo apt-get update
sudo apt-get install python3.6

Я бы не советовал сносить ISPManager, т.к. это может вызвать определённые проблемы.
Но если так хочется - можете удалить папку /usr/local/ispmgr5

Возможно, Вам подойдёт Joxi?
Есть поддержка скриншота выделенной области, окна, всего экрана. Изображение также можно отредактировать перед сохранением.

Если у Вас проект находится в домашней директории пользователя, то почему бы не создать отдельный pool php-fpm, работающий от нужного Вам пользователя, на директории права 755, на файлы - 644.
Затем в /etc/php/7.0/fpm/pool.d создаете новый файл с таким содержимым:

[user]
user = user
group = user
listen = /run/php/php7.0-user.sock
listen.owner = www-data
listen.group = www-data
pm = dynamic
pm.max_children = 5
pm.start_servers = 2
pm.min_spare_servers = 1
pm.max_spare_servers = 3
chdir = /

В конфиге Nginx:

location ~ \.php$ {
        try_files $uri /index.php =404;
        fastcgi_split_path_info ^(.+\.php)(/.+)$;
        fastcgi_pass unix:/run/php/php7.0-user.sock;
        fastcgi_index index.php;
        fastcgi_param SCRIPT_FILENAME $document_root$fastcgi_script_name;
        include fastcgi_params;
    }

Тогда PHP будет работать от имени заданного в директиве user пула php-fpm пользователя

Логин с паролем от базы данных в конфигах правильные?

В Kali Linux стоит Gnome 3. Следовательно, Вам нужно поставить Gnome 3 на Ubuntu. Сделать это Вы можете командой sudo apt-get install ubuntu-gnome-desktop

У Вас проблемы не с LAMP, а с базой данных. Конкретно, Ваша ошибка означает, что PHPMyAdmin не может подключиться к серверу MySQL с именем пользователя root, не используя пароль. Если LAMP и PHPMyAdmin Вы ставили отдельно, советую всё-таки вспомнить логин с паролем от пользователя root mysql (ну, или как вариант, отдельно переустановить сервер MySQL, введя пароль root и запомнив его, а потом уже ставить PHPMyAdmin и вводить правильные данные для доступа.

Можете поставить легковесные графические оболочки:
XFCE sudo apt install xfce4
LXDE
sudo apt install lxde