Если у Вас проект находится в домашней директории пользователя, то почему бы не создать отдельный pool php-fpm, работающий от нужного Вам пользователя, на директории права 755, на файлы - 644.
Затем в /etc/php/7.0/fpm/pool.d создаете новый файл с таким содержимым:

[user]
user = user
group = user
listen = /run/php/php7.0-user.sock
listen.owner = www-data
listen.group = www-data
pm = dynamic
pm.max_children = 5
pm.start_servers = 2
pm.min_spare_servers = 1
pm.max_spare_servers = 3
chdir = /

В конфиге Nginx:

location ~ \.php$ {
        try_files $uri /index.php =404;
        fastcgi_split_path_info ^(.+\.php)(/.+)$;
        fastcgi_pass unix:/run/php/php7.0-user.sock;
        fastcgi_index index.php;
        fastcgi_param SCRIPT_FILENAME $document_root$fastcgi_script_name;
        include fastcgi_params;
    }

Тогда PHP будет работать от имени заданного в директиве user пула php-fpm пользователя

Тебе нужно учиться и совмещать программирование. Если совсем не получается - отдавай предпочтение школе, а после 11-го класса уже можешь пойти в универ на соответствующую специальность.

В данный момент в программировании полный ноль.

Но при этом Вы же как-то

Делал программу на заказ. Она написана на Java

Если Вам необходимо работать с базой данных, можете брать Python и к нему какую-нибудь ORM (Orator ORM, SQLAlchemy)