Во-первых, забудьте про XML, его придумали бюрократы. Вот пусть они его и используют в своих банках и налоговых. Для парсинга и кодирования JSON достаточно пары функций по 10 строк каждая. Для парсинга XML, даже если в нем пару значений, нужно подгружать монструозные библиотеки.
Во-вторых, раз уж вы делаете веб-приложение, используйте возможности протокола HTTP. Это значит идеология REST, а не RPC. То есть вместо каких-то там «процедур» или «функций», вы пляшете от объектов и стандартных действий.
Например, у вас есть объект с идентификатором obj_id. Для любого доступа к нему используется URL вида
example.com/path/to/obj_id
Далее по этому URL-у возможны 4 действия (http verb):
GET
example.com/path/to/obj_id — получить данные объекта
PUT
example.com/path/to/obj_id — изменить объект
DELETE
example.com/path/to/obj_id — удалить объект
POST
example.com/path/to/ — создать новый объект в папке /path/to
GET
example.com/path/to/ — получить все объекты в папке /path/to
В зависимости от результата операции, вы должны возвращать правильные коды ошибок (200 OK, 404 Not Found, 403 Forbidden и т.п.).
Параметры более сложных запросов идут как get-параметры, ну например
GET
example.com/path/to/?search=blabla
— искать объекты
Или можно часть параметров перенести в урл:
GET
example.com/my/report/01.01.2011-31.12.2011/ 
