то скрипт наглухо кладет сервер минут на 10
Вряд ли он прям наглухо кладёт. Обычная обработка. Да долго, но очень часто подобные задачи возникают, ничего страшного там нет. Пусть работает.
Можно сократить количество запросов за счёт того, что SELECT для проверки не нужен, например.