Несомненно fancybox)
Иногда magnific popup, но не проверял на кроссбраузерность.
Также частенько пользуюсь modal от bootstrap, когда нужен быстрый и просто прототип.
davidlynch.org/projects/maphilight/docs работает с SVG либо с картой для изображений (тег map).
Для нарезки областей на карте есть он-лайн сервис, адреса не помню, но нагуглить можно.
