Скорее дело вкуса. Хотя бывают ситуации когда много php в атрибутах того же тега "a" и удобнее будет через Html::a.
Также есть много методов для генерации bootstrap элементов, что очень упрощает жизнь в случае разработки какой-нибудь админки, если вы не фронтендер)