$primaryIp = $this->ipAddressRepository->getPrimaryByPort($command->id_port);
Port
).$primaryIp = $this->ipAddressRepository->getPrimaryByPort($command->id_port); //важно взять эту сущность первой
$ipAddress = $this->ipAddressRepository->get($command->id_ip_address);
$primaryIp->getIpAddressAssigned()->setSecondary();
$ipAddress->getIpAddressAssigned()->setPrimary();
$this->em->flush();
Снова таки, это может быть лишь у меня так. Потому не стоит всё под одну гребёнку брать.