Надо понимать что полноценной замены не существует.
Данная программа - это два тупые молодца, одинаковые с лица, из мультика про Вовку в тридевятом царстве.
Которые честно пытаются делать то что хозяин им велит, но в силу врожденного слабоумия всё делают не так.
А всё от того что она хочет быть нянькой для программиста.
Но если программисту нужна нянька, то такого "специалиста" надо гнать из профессии поганой метлой.
А если хочет остаться - то да, надо учиться что-то делать самому. руками.
ЗАРАНЕЕ продумывать и создавать схему БД. И менять только в случае осознанной необходимости, а не потому что вдруг передал в БД не тот параметр, который хотел.
ЗАРАНЕЕ продумывать и писать SQL запросы. А не ждать что все их за тебя напишет тупая нянька.
Понимать то как работает пхп с базой данных.
Поэтому в качестве прививки от говнокода я порекомендую сначала
- учить устройство БД. Создавать все свои схемы руками
- учить SQL. Писать все свои запросы руками
- освоить работу с БД из РНР на базовом уровне, через нативный ПДО.
После того как это все будет от зубов отскакивать, и после пары выполненных проектов будет очевидно видна некоторая избыточность и повторяемость кода - ничинать писать свой первый Table Gateway. Ну, или если совсем нипалусяися - то осваивать что-нибудь хайповое, но хотя бы не такое маргинальное, например Елоквент.