Как указал
hint000 есть встроенные средства (Robocopy для Windows) и нужный функционал в файловых менеджерах.
Я использую специализированную программу
Araxis Merge. Она умеет не только сравнивать папки, но и пытается показать чем отличаются изображения. Что немаловажно: временный (на 30 дней) ключ высылают без ограничений.