Чтобы не было "задвоеные значения", нужно формально определить, которое правильное. А затем удалить неправильные. Или может вам их сложить нужно?
хоть селект
SELECT bid, date, SUM(shows) AS shows, SUM(clicks) AS clicks, MAX(modification) AS modification
FROM ad_stat_cleaned
GROUP BY bid, date