Все оказалось банально просто, я сделал такую конструкцию:
$query = "SELECT DISTINCT articles.title, articles.id, articles.start, articles.deadline, users.id as userid, users.name, projects.color, projects.name as projname, projects.id as projid FROM articles, users, projects WHERE articles.cart = 0 AND users.id = articles.copyrighter AND projects.id = articles.project ";
if($_GET['user'] != "none") {
$query .= " AND users.id = ".$_GET['user'];
}
if($_GET['project'] != 'none') {
$query .= " AND projects.id = ".$_GET['project'];
}
Сначала я создаю строку запроса, потом по мере необходимости приклеиваю к ней параметры выборки и всё работает