Разработчики Coda довольно оперативно отвечают на вопросы. Напишите им об этой недоработки и в следующем апдейте все будет ок. Или же если не терпится — откройте Coda2.app, и в нем Resources/PHP-HTML.mode
Это тоже пакет в котором в xml заданы правила подсветки и прочее, все можно поправить и снова запихнуть в Coda2. Кстати если получится — можете поделится с сообществом.
