Вы можете при завершении работы скрипта записывать текущее время в файл / БД. А при каждом запуске считывать это время, и если прошло достаточно, то запускаться, иначе выход. Если я правильно понял вопрос.
Если же скрипт должен просто притормозиться на какое-то время в течение исполнения, то sleep может помочь.