Nikita Tarasov

Google может наложить ручные санкции за микроразметку скрытого контента

Сайт в студию - слишком абстрактно написано, для предметного анализа нужно конкретный сайт смотреть

Правильным решением будет закрыть страницы с результатами поиска от индексации по маске через файл robots.txt

Есть, например софт - Comparser, где предусмотрена функция пакетного добавления/удаления страниц в Yandeх и Google

Нужно смотреть выдачу по запросам, по которым собираетесь продвигаться - уже на основании анализа выдачи можно будет делать выводы

Нужно реализовать корректную геопривязку поддоменов

Через панель яндекс вебмастер - нужно проверить привязку каждого поддомена к конкретному региону
с вероятностью 99% каждый из поддоменов вообще никуда не привязан

Для того, чтобы реализовать корректную геопривязку - необходимо на страницах поддоменов разместить контактные данные офиса компании в данном регионе - например, на страницах рязанского поддомена размесить контактные телефоны рязанского офиса в шапке сайта и адрес рязанского офиса в подвале сайта.

Сейчас на всех поддоменах единый блок с телефонами и отсутствуют контактные данные

+ нужно добавить поддомены в яндекс справочник

На региональных поддоменах в конце заголовка title реализовать автоматическое добавление региона - например, для URL ryazan.transikea.ru/product/holme_svetilnik_naapol... заголовок title должен быть следующий: "ХОЛЬМЭ светильник напольный - 301.841.68 | Transikea - Рязань"

Key Collector - ПО стоит своих денег + регулярно выходят новые обновления
SEO PowerSuite - дорогой + потом еще продлевать придется - www.seopowersuite.ru/search-algo-updates-calculato..., продление тоже платное (
Еще есть Comparser - для поиска дублей и анализа индексации сайта в основных поисковых системах
Достаточно неплохие краулеры, заточенные под SEO
SEOFrog
И его бесплатный аналог - Xenus

Если работает с MAC OS - то придется ставить виртуалку, весь софт, кроме SEOFrog работает только под windows
Итого:
для составления семант яда лучше использовать Key Collector или один из сервисов - например rush-analytics

Для поиска технических ошибок и дублей я бы оставил SEOFrog и Comparser

Приведенный вами пример является дублем - так как URL-ы страниц различаются, но контент размещенный на них совпадает. Самое простое решения закрыть дубли, генерируемые при помощи get параметров через robots.txt

У вас на данный момент отсутствует robots.txt на сайте
Чтобы закрыть от индексации дубль, который Вы привели в качестве примера - в корне сайта необходимо размесить файл robots.txt следующего содержания:
User-agent: Yandex
Disallow: /?fakeparam=
Host: www.somesite.ru/

Анализатор robots.txt вам в помощь - https://webmaster.yandex.ru/robots.xml#results :)

Тот метод, который Вы описали больше смахивает на клоакинг - можете поймать санкции со стороны ПС
В индексе порядка 40К страниц

Добавьте в robots.txt ссылку на XML карту сайта
и пропишите адрес XML карты сайта через вебмастер

1. аддурилка яндекса Вам в помощь
2. Добавить сайт в Яндекс Вебмастер (если еще не добавили)
2.1. Сделайте XML карту и добавить в Яндекс Вебмастер
3.Создайте HTML карту сайта, разместите ссылку на нее в подвале. HTML карта сайта должна включать в себя ссылки на те страницы, которые вы перечислили

Вот, что еще можно внедрить по внутренней оптимизации
Аудит