Это два противоположных хранилища. Mysql подразумевает четкую структуру и однообразие данных в первую очередь, в то время как монго вообще не следит по сути за структурой данных, хотите массив? пожалуйста, хотите однородные данные? пожалуйста!
В mysql вы создаете структуру данных и затем вам придется следовать ей, хотите вы этого или нет, бд сама решит можно писать данные или они не подходят, в монге вам придется все контролировать руками, может быть такое что вместо инфы пользователя вам придет структура лишь с одним полем, если вы что-то пропустите при записи, и это нормально.
По этому выбирать нужно сугубо исходя из нужд.
У вас есть список полей? Нужна строгость данных? Мускуль.
У вас разнородные данные? весь профиль состоит из многих полей, некоторых может вообще не быть и это норма? Монго.
