1. Разбитыми файлами легко манипулировать: оставить как есть или склеить.
2. При разработке можно быстро открыть нужный модуль (к примеру). Или быстро увидеть изменения в git-е.
В целом система имеет неплохую гибкость за которую нужно расплачиваться миллионами файлов и модулей. Сам по себе лаяут (когда разберешься) не особо и сложный. У меня лично больше вопросов и -нанависти- негодования вызывает слабая документация. Про русскую вообще лучше помолчать, нет ничего.
Столкнулся с тем что в заказе нельзя указать несколько мест доставки. Fail. Кое-как выкрутился. Такие вещи не редкость. Такие дела.