Сталкивался с такой проблемой еще на Jabber. Говорят, в XMPP предусмотрена возможность «достать» с сервера сообщения, отправленные ранее в другой клиент.
Решил «просто»: поправил исходники Pidgin, чтобы он разлогинивался при блокировании экрана, а также по таймауту. Поэтому, если даже залогинен в ОС на разных компах дома и на работе, только один мессенждер в онлайне.