При конкуренции между контекстами
z-index определяет победителя. Так что да — если вы для позиционируемого блока для контейнера выставили
z-index, то этот блок не может выиграть у любого другого позиционируемого блока в контексте, который расположен в контексте, выигравшем у контейнера первого блока.
Изменить ситуацию можно, либо не выставляя
z-index для контекстов, либо динамически меняя эти значения.
Счёт насчёт счёта. Граф считает счета на своём счету.
Update: Вот так примерно
решается ваша задача. Ничего хитрого — просто смена
z-index при наведении.