Алексей Скобкин

Кроме локальных и не очень веб-студий, которые занимаются обслуживанием большого количества людей, существуют ещё и компании, которые развивают свой продукт или сидят на аутсорсе по долгосрочному заказу.
В таких случаях как раз и есть заранее чётко известный стек технологий.
Ищите работодателя, который занимается разработкой и поддеркой долгосрочных проектов на интересующем вас фреймворке.

Тут очень, очень много чего можно приводить к божескому виду. Вам, наверное, надо попробовать какой-нибудь не очень сложный MVC-фреймворк для начала.
Пока что весь код - сплошная каша, которую чуть проще поддерживать, чем если бы всё было в одном файле, но всё ещё значительно сложнее, чем уже проработанные решения.

$data .=  '<div class="newsPhoto">';
        $data .=  '<img src="'.getImgUrl($news['photo']).'">';
        $data .=  '</div>';
        // ...

Вообще, если вам так хочется всё это делать именно в PHP - можно использовать либо Heredoc/Nowdoc, либо просто записывать в кавычках без лишних конкатенаций кода с самим собой. Хотя лучше, конечно, всё это делать в слое View (см. MVC) - попробовав вы быстро поймёте - насколько это круто, когда логика (операции с данными) и представление (вывод данных) разделены.

$sql = mysql_query("SELECT news_id, title, description, photo FROM news WHERE category='1' ORDER BY news_id DESC LIMIT 10") or die(mysql_error());

Используйте PDO и подготовленные запросы с биндингом параметров.
А ещё у вас везде одинарные кавычки (что хорошо), а тут - двойные. Зачем? Одинарную кавычку можно экранировать с помощью бэкслеша.

if (isAJAX() == false) {
echo head('Новости',array('common.css', 'news.css'),array('common.js'));
echo body();
echo news_menu();
echo news();
echo footer();
}

Это очень мило. Вы почти пришли к шаблонам :)

Могу порекомендовать вам для приобретения понимания как лучше коду выглядеть сделать три вещи:
1. Ознакомиться с PSR-2 как минимум.
2. Прочесть и постараться максимально понять Php The Right Way.
3. Переписать всё это на каком-нибудь более-менее современном, но ещё не очень сложном фреймворке, который из коробки имеет MVC. В памяти пока что всплывает, например, FuelPHP.

Ну и дальше как разберётесь - уже просто набираться опыта, смотреть как делают другие (опенсорс всегда в помощь), пробовать делать какие-то маленькие вещи для себя, чтобы разобраться в чём-то.

Давайте и я примажусь с наглядной демонстрацией, чтобы вам спокойней было :)

Если хотите одним простым запросом выбирать из дерева - вам нужно смотреть в сторону хранения древовидных структур: Nested Set, Materialized Path, Adjacency List, Closure Table, etc.
У них есть свои плюсы и минусы - вам нужно подобрать под вашу задачу в зависимости от того, какие операции с деревом вы будете производить.
Вот здесь про них уже есть ответ. А вот здесь - статья.

На stackoverflow.com прочитал что данная переменная $servers формируется на основе заголовков и мол, ей нельзя доверять (ссылку на сайт с вопросом потерял.)

А вот разработчики Symfony - доверяют.

Вы посмотрите в отладчике браузера, уходит ли этот заголовок. Возможно это ваш клиентский код косячит - тогда править надо его.
И ещё посмотрите в отладчике PHP, что у вас там в заголовках творится.

UPD:
Будете делать ответ - не забудьте устанавливать в заголовках Content-Type в соответствующий тому формату, в котором отдаёте.

Имеет смысл начать с C/C++, чтобы понять некий базис и строгую типизацию. Потом попробовать Python/PHP и посмотреть, что такое динамическая типизация. Осознать для себя плюсы этих двух подходов. И если душа ещё не легла к какому-то из языков - можно попробовать энтерпрайзную Java или C#.

Ну вы же в контроллере можете описать логику обновления сущности, а не только автоматически заполнить её новыми данными из формы.