Если нет, куда его ложить?
"Ложить" куда угодно можно, главное при подключении фреймворка нужный путь указать
В ответ на 1 вопрос я так и понимаю, что нужно создать директории vendor, yiisoft, yii, и сюда положить сам framework?
См. пункт 1. Вообще, по наличию папки vendor смею предположить, что в вашем случае предлагается устанавливать yii через composer. Это удобно, в интернете много инструкций на эту тему можете найти, но, как я писал уже выше - не обязательно.
Вопрос 3. Почему в файле domain.ru/www/backend/config/overrides/base.php массив с квадратными скобками?
Начиная с php 5.4 так можно. Более короткая запись.