Так что это может быть скрытая полезная нагрузка вирусни, и какой-то один из файлов содержит код распаковки
Еще варант: не ошиблись ли вы с подсчетом размеров файлов? Может вы килобайты с кибибайтами перепутали?
Их не видно
Например разные переводы строк в linux и windows.
Сравнить побайтно.
Там в основном про плагины все, это не подходит так как нужна автоматизация со стороны CI/CD
А вот вариант с написанием команд на WP-CLI подходит, но если обычный "поиск и замену" выполнить легко, то как быть с сериализованными данными в БД?