Так что это может быть скрытая полезная нагрузка вирусни, и какой-то один из файлов содержит код распаковки
Еще варант: не ошиблись ли вы с подсчетом размеров файлов? Может вы килобайты с кибибайтами перепутали?
Их не видно
Например разные переводы строк в linux и windows.
Сравнить побайтно.
Если я другие файлы с кодом, тех же форматов, скопипащщу у себя, они будут одинокого размера