Извените за тупой вопрос, а зачем статика то на субдомене у вас ведь nginx  и смысла в этом попросту нет.
Кроме ка постоянный геморой ?
Теперь по всем доменам, тут все просто вам нужен другой ключик.
Вы ведь их делаете  ен самоподписаные надеюсь ? 
а что-то типа такого  (тут писал под битрикс)
https://klondike-studio.ru/blog/bitrix-virtualnaya...
Если самоподписаные то толку от таких сертификатов примерно ноль.
На вашем месте я бы сделал проще.
nginx отдает нормальные урлы, 
stream {
      upstream stream_backend {
        zone tcp_servers 64k;
        server 192.168.55.201:3308;
        server 192.168.55.202:3308;
        server 192.168.55.203:3308;
    }
все что вам останется прописать логику в локейшенах если вам прям так хочется отщдавать с другого сервера.
В таком случае вам нужно будет только сертификат на  фронт и все.
НО вообще nginx может автоматически балансировать нагрузку на бэкэнды.
что именго вам нужно от поддоменов, ведь вы по сути теряеете "вес" отдавая его субдоменам.