И так немного теории
777
1.Полный доступ владельцу
2. полный доступ доверительной группе
3. всем остальным тоже все
смотирм скриншот смотрим внимательно
www.tecmint.com/wp-content/uploads/2014/10/Linux-F...
На данном скриншоте
Владелец root
Группа root
и остальные
У вас скорее всего группа и юзер не соответствуют юзеру и группе вашего веб сайта в результате апачь попадает как
"все остальные" и ниче не может сделать
решение проблемы
chown -R user:group /var/www/site.ru/
Соответственно ваш юзер и групаа апача