А зачем вам .htaccess 7
любое nix семейство ОС с легкость позволяют иметь несколько корней.
Для линукса по сути любая файловая структура виртуальна поскольк она сама по себе основана на айнодах.
ТАк что вам куда проще будет физически разместить каталог в двух местах, тем более это делается 1 командой.
И даже есть в MC так сказать в GUI
https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A1%D0%B8%D0%BC%D...
по сути это как создать ярлык на папку или файл
Притом их два варианта жестких и мягких.
Вам нужна мягкая.