Сергей Кузнецов

Проблема не в URL-адресе (/ в конце пути не влияет на работу).

Permission to kirill-pereshyvalov-13/laravel-docker.git denied to KirillPereshyvalov13

— вероятно, вы вошли не под тем аккаунтом, который имеет доступ к репозиторию.

Возможно вы поменяли свой username для логина, а перелогиниться забыли, вот и ошибка.

Удалите неправильные учетные данные из кэша:

echo "url=https://github.com" | git credential reject

При следующей попытке git push залогиньтесь как kirill-pereshyvalov-13 а не как KirillPereshyvalov13

Последний коммит отмените, а первый пересоздайте

git reset HEAD~1
git commit --amend

Либо этими командами в терминале, либо мышкой в интерфейсе PhpStorm.

Зачем писать сообщение коммита через терминал? В самом IDE же нормальный интерфейс для коммитов? Через терминал вы всё равно не сможете больше одной строки вставить в сообщение.

Git Bash внутри IDE он абсолютно такой же, как тот что запускается отдельным окном.
Но там почему-то настройки локализации не передаются.
Помогает правка .bashrc, добавьте туда строки

LANG="ru_RU.UTF-8"; export LANG
LC_ALL="ru_RU.UTF-8"; export LC_ALL

Возможно станет получше.

git reset --hard приведёт состояние проекта в рабочем каталоге в соответствие с HEAD

Вы внесли изменения только в репозиторий, но не актуализировали сам рабочий каталог репозитория, в котором лежит сайт. git status вам об этом и сообщил.
Очистить рабочий каталог от ненужных изменений можно командой
git reset --hard
Согда файлы синхронизируются и репозиторием.

У вас сбились связи между локальными и внешними ветками. Я не нашел как починить это через интерфейс JetBrains, но оно легко чинится через терминал.

➜ git branch -vv
* main 0e02250 [origin/dev] Commit Message

➜ git push -u origin main:main
branch 'main' set up to track 'origin/main'.
Everything up-to-date

➜ git branch -vv              
* main 0e02250 [origin/main] Commit Message

Чтобы PhpStorm увидел изменения, наверное придётся его перезапустить.

Чтобы сообщить что мы разрешили конфликт, нужно индексировать файл повторно
git add файл
Встроенный инструмент PHPStom делает это автоматически

git restore HEAD~3 -- file
Либо в IDE вызвать историю файла

И в окне истории сделать Get на нужном коммите

либо в терминале git reset HEAD
Файлы не изменятся, но отменится их индексация, т. е. сделается unstage

Либо просто нажать кнопочку отмены — Rollback

Любой Git-клиент, например SmartGit, если включить опцию показа неизменённых файлов в панели Files.

На твоём скрине я вижу обратное. Не появляются, а наоборот исчезают. И не табуляции, а пробелы.
По умолчанию в редакторах JetBrains удаляются лишние пробелы (trailing spaces) только в изменённых строках. Проверь это у себя в настройках редактора вот тут Editor / General / On Save


Но, по хорошему, надо эти косяки в коде везде поправить.

В терминале пишем
git checkout хеш_коммита -- полное_имя_файла
и состояние файла вернётся к тому, что было после коммита с указанным хешем.

Но удобнее вызвать историю этого файла, выбрать нужный коммит, показать разницу между версиями и откатить ненужные изменения. А что-то можно и оставить.