Cython - это транслятор, он только переводит питонячий код в сишный. Дальше вы должны использовать компилятор C для компиляции в бинарник. Это требует как минимум базовых знаний в C и умении использовать его инструментальные средства. В идеале же стоит знать хорошо и язык, и принципы работы виртуальной машины Python. Проще говоря, не стоит ожидать от Cython простой компиляции питонячьего кода в бинарники.
