1) Модели Article, Tag, Comment.
Для модели Article связи с тегами и с комментами, про связи читай
тут
Для article_tags модель не нужна, и по лучше называть article_tag, так правильнее, в стиле laravel, подробнее например
тут
2) Не обязательно, но в этом и есть плюшки фреймворка. Моделями простые запросы делаются намного быстрее, элегантнее, чем вручную.