Ну, ты пишешь в консоле «iptables -P INPUT DROP» и отрубаешься от своего сервера до тех пор, пока он не перезапуститься =) VPS можно из панели управления перезапустить, а если сервер физический… придеться звонить ребятам тех. поддержки =)
Мне проще было бы написать регулярку\конвертер и переделать готовые конфиги в JSON. ИМХО, самый удобный и компактный формат хранения данных (по компактности проигрывает только бинарному).
exec и кроссплатформенность очень противоположны (хотя можно писать обертку под каждую ос, но вроде в Windows терминальных утилит не так много, как в Linux к примеру).