Saboteur

-h 127.0.0.1

Для авторизации, root@localhost и root@127.0.0.1 могут быть разные пользователи.

Для копирования файлов с линукса на винду можете поставить на линуксе samba клиент, а на винде расшарить папку. Считается не самым безопасным способом.

Проще поставьте на винду scp клиент (или из поставки путти pscp.exe, или winscp, или вместе с git под винду идет куча линуксовых портированых утилит, включая scp) и тогда можно с Винды инициировать копирование, например в командной строке:

scp user@my.linux.server:/home/user/myfile c:/download/

Можно на Windows server также установить какой-нить ftp сервер или даже сторонний sshd, и тоже копировать файлы, без установки соединения по remote desktop вообще.

cmd1 | cmd2 | cmd3

Вообще не так
У вас каждая следующая команда получает результат выполнения предыдущей. Они в принципе не могут работать параллельно в данном примере, только последовательно.
А сколько ядер каждая команда задействует - зависит от команды.

Видимо самба сервер не все шарит.
Авторизируйтесь вручную через
net use \\server\dir /u user:iam *

Говорят C# уже можно в Линукс, а раз хотите изучить, можете рискнуть.
А так - вопрос что за GUI.
Какая-нить утилита с простыми окнами, так можно и на js вебморду к ней сделать будет кроссплатформенно, а бэкенд уже на чем хотите с вариантом переписать его потом на другом языке.

P.S. Только не электрон.

1. Можно в переменной PATH сперва указать /usr/local/bin а затем /usr/bin

2. Прямо вызывать /usr/local/bin/curl

3. Поменять их местами

cat /etc/*-release
CentOS release 6.10 (Final)
PHP Version 7.1.26

Где-то у вас стоит php, надо найти его и добавить папку в переменную PATH либо вызывать php полным именем
Возможно
/usr/bin/php 1.php

А вы уверены, что проблема именно в CPU, а не в скорости считывания файла с диска?
Особенно учитывая, что файлов очень много?

GPU достаточно специфичная вещь, смысл ее применять для подобной операции не слишком виден.

Что значит "реализовать данный ip адрес"?

Тут указана небольшая подсеть /23 (512 адресов), возможно какой-то реальной организации. А может быть даже лажа админа 188.82.23.12, который вместо локальной подсети 172.16.1 прописал реальную 172.1.1

А что за файлы?
Если конфиги (текстовые), то можно и гитом.

Не путайте дистрибутив и предварительно настроенный образ конкретного Линукса.

Просто склонируйте Линукс - все должно работать.
Обычно в худшем случае просто не работает какая-то фича или устройство, не вызывая креш системы.

Так просто считайте переменную из файла и передавайте через стандартный -e

Ложим пароль в файл просто значением

echo "mysecretpassword" > file.password
...
MYVAR=$(cat file.password)
docker run  -e SOME_PASSWORD="$MYVAR" --restart=always -it test_image

или ложим пароль в шелл скрипт и вызываем его через source (aka .)

echo "MYVAR=mysecretpasswowrd">file.password
...
. file.password
docker run  -e SOME_PASSWORD="$MYVAR" --restart=always -it test_image

использование CPU начинает отображаться только со второго прохода (такая же ситуация, кстати, при парсинге обычного top

Это не проблема, это так работают счетчики - любая программа типа top или systemd-cgtop сперва считывает показания счетчиков, а через две секунды считывает их заново, получая среднестатистическую нагрузку на CPU, и по этому уже выводит инфу.
Найти нагрузку другим способом Линукс не предусматривает. Так же как и вытащить более детальное распределение слайсов времени по процессам.

systemd-cgtop -b -n 2
У меня попадает вроде оба экрана.

Вы можете попробовать разве что самостоятельно считывать сразу счетчики
читайте /proc/stat, /proc/sched_debug (возможно даже только его вам хватит), /proc_schedstat, вычислите какие цифры вам нужны и считывайте с той частотой, какая вам нужна.

Поиск файлов (-type f) с хардлинками больше й (-links +1)

find . -links +1 -type f

В Линукс взломать локального админа еще проще.

Поймите. Если у вас есть физический доступ к устройству - взломать локальные права - не проблема.
Единственное - если вы будете шифровать целиком раздел с операционной системой и данными. Но это усложняет решение проблем, если вдруг что-то заглючит.