По умолчанию ls не только читает каталог, но и делает stat на каждый файл, чтобы цветом показать их тип и executable bit. Это очень замедляет процесс.
Обойти вызовом ls без параметров, заданных в alias ls:
$ alias ls
alias ls='ls --color=auto'
$ ls # вызывает алиас
$ 'ls' # вызывает обычный ls без параметров
Но лучше не выводить в консоль (особенно если сервер открыт по сети) - это будет очень долго - а перенаправить в файл и потом просмотреть.
'ls' /root > /tmp/list_of_files
less /tmp/list_of_files
Удалить файлы проще всего с помощью find:
find /root -name 'index.html.*' -delete