Saboteur

В коммите пишешь нужный текст, потом жмешь
ESC
Shift+Z+Z

Если ты делаешь для себя, делай как хочешь.
Но смысл делать подобный .md файл немного отсутствует - есть же git log
Сейчас не совсем понятна мысль - ты хочешь автоматический change log, или тебе просто хочется иметь текстовый файлик?
Но в бренче может быть много коммитов, пока не закончишь фичу, и зачастую "чистовик" пишется уже при слиянии в основной ветке, со сквизом промежуточных коммитов.

Вообще-то как раз гит хранит целые копии файла.
Для каждого файла создается его хеш, и файл-объект хранится под именем с этим кешом.

If you again examine your objects directory, you can see that it now contains a file for that new content. This is how Git stores the content initially — as a single file per piece of content, named with the SHA-1 checksum of the content and its header. The subdirectory is named with the first 2 characters of the SHA-1, and the filename is the remaining 38 characters.

То есть любое изменение файла - создает еще один файл-объект.
Два одинаковых файла не будут занимать два места, даже если они хранятся под разными именами.

Каждый коммит - содержит список файлов и хеш для содержимого.
А ветка - это просто ссылка на конкретный коммит и немного метаданных.

Также файлы-объекты хранятся упакованными, а периодически файлы-объекты могут быть объеденены в отдельный пакет.

Чтобы посмотреть содержимое любого гит-объекта, юзай
git cat-file -p ID_объекта (где айди объекта это как раз его хеш)

И собственно именно эта фича - хранение каждого изменения файла отдельным объектом и позволило создать легковесные ветки, где переключение на любой коммит любой ветки - быстрая проверка и копирование файлов, в отличие от CVS и SVN, где любое переключение ветки - куча пересчетов диффов как назад так и вперед.

Но, поскольку SVN - централизированная система, где все изменения хранятся только на сервере, можно менять формат хранения между версиями, так как это не нужно согласовывать со всеми пользователями репозитория.
Например кроме диффов, в поздних SVN периодически сохраняются полные снепшоты, например каждые 1000 коммитов делается полный слепок, что ускоряет перерасчеты.

Предполагаю, что можно сделать его зашифрованным через openssl и именно его синхронизировать или даже версионировать через git (или оставить текущую схему с ансибл). При входе в систему расшифровывать его, кладя в RAM и подключать через "source .bashrc". Работать. После окончания рабочего дня расшифрованный файл надо удалить (ну или изначально при начале работы класть его в RAM).
Но в этот файл регулярно вносятся изменения, бывает раз в день, а бывает лишь один раз в месяц.

Не самый плохой вариант шифровать через openssl.
Только зачем расшифровывать файл? Расшифровывайте прямо в память во время использования

то есть в .bashrc можно например так

dbuser=database_user
dbpass="$(openssl enc -d -base64 -aes-128-ctr -nopad -k secret_key.txt<<<"l1k2j3kl14jjkl321h4lk124123;ljk2`13jlkj")"

Синтаксис из головы написал, надо уточнить как указать путь к файлу с мастер секретом.
При этом файл остается зашифрованным, но в текущей сесии переменная уже с открытым паролем.
Либо можно сделать несколько файлов подобного типа и инклюдать их в скрипты прямо перед использованием.

It is not possible to re-include a file if a parent directory of that file is excluded. Git doesn’t list excluded directories for performance reasons, so any patterns on contained files have no effect, no matter where they are defined.

Можно только добавить разово .pub руками.

Как я понял, вы хотите в одном и том же репозитории хранить два енвайрнмента, на одной и той же машине.
Но это неверный подход. Ветки это не разные версии софта, ветки это разные состояния исходников.
Сделайте ваш код, чтобы там был prod.config, dev.config и все

так а почему у вас https:// а не ssh:// ?

нет.
Несложно же почитать как под капотом работает гит. Никаких блоков цепочек там нет. Есть версии.

Можно настроить config для ссш и юзать разные хостнеймы для конкретных репозиториев
Пример:

~/.ssh/config:

Host github-user1
      HostName github.com
      User git
      IdentityFile ~/.ssh/id_rsa_user1

    Host github-user2
      HostName github.com
      User git
      IdentityFile ~/.ssh/id_rsa_user2

В разных репозиториях редактируешь ремоут (.git/config)
url = git@github-user1:user1/myrepo.git
или
url = git@github-user2:user2/myrepo.git

ну или можно командой
git remote set-url origin git@github-user1:user1/repo.git

без коммита, вы не фиксируете изменения в ветке, а только в working directory
Проверьте все изменения, добавьте их в коммит, закоммитьте, а уже потом переключайтесь в другую ветку

Либо юзайте git stash

Если ты один, сделай флоу какой тебе удобный с нейм конвеншеном какой тебе удобен.

Сделай две ветки:
site-ru
dev-site-ru

Делай ветки для вставки новых крупных фич типа:
feature-XXXX

как ветка готова, мержи ее в dev-site-ru c --squash
Как протестировал на дев, делай мерж в site-ru

Для тебя и клиента будет интуитивно понятно что за ветки, и не надо будет запоминать зачем нужен мастер или транк.