Git удалил коммит
Коммиты удалить довольно сложно. И случайно это сделать вы уж точно не сможете.
Как нормально переключаться, чтобы гит не удалял ничего?
Очень просто. Перед тем как переключать ветки всегда смотреть
git status, чтобы в рабочем каталоге не было несохраненных изменений. Если изменения есть, то их надо закоммитить, т. е. сохранить, либо сбросить, вернув файлы к первоначальному состоянию через restore например.
вообще 1 лог остался изначальный
Эта фраза вообще не понятна.
если созданы новые файлы или переименованы, и ты возвращаешься, то он их не удаляет
Это гит так заботится о вас. Он сам постарается не уничтожать вашу несохраненную работу, которая лежит незакоммиченная в рабочем каталоге. Это не баг, а фича. С какого перепугу он должен уничтожать что-то?