Можно настроить config для ссш и юзать разные хостнеймы для конкретных репозиториев
Пример:
~/.ssh/config:
Host github-user1
HostName github.com
User git
IdentityFile ~/.ssh/id_rsa_user1
Host github-user2
HostName github.com
User git
IdentityFile ~/.ssh/id_rsa_user2
В разных репозиториях редактируешь ремоут (.git/config)
url = git@github-user1:user1/myrepo.git
или
url = git@github-user2:user2/myrepo.git
ну или можно командой
git remote set-url origin git@github-user1:user1/repo.git