Для top я бы сделал так
topfile.sh
while true; do
top -b -n 1 > top.log
sleep 2
done
и запустил ./topfile.sh &
Если ваша программа не умеет работать в batch режиме, то будет сложновато.
Можете написать скрипт, который запускает программу в фоне с перенаправлением, убивает ее через kill, добавить sleep и завернуть это в цикл.