s3ek

Скиньте кэш с сервера1 в отдельный каталог на сервере2 (не в /var/cache/apt/archives/) и добавьте этот локальный каталог как один из источников apt в sources.list):

$ sudo mkdir /path/to/new/debs
$ [кидаете все пакеты туда]
$ cd /path/to/new/debs
$ sudo dpkg-scanpackages . /dev/null | gzip -c9 > Packages.gz

Добавляете строчку в /etc/apt/sources.list:
deb file:/path/to/new/debs/ /

$ sudo aptitude update
$ sudo aptitude upgrade

На машине, где нужно обновиться:
# apt-get --print-uris -y dist-upgrade |grep ^\'|awk -F "'" '{print $2}' > urls.lst
Файлик копируем на машину с инетом. И там:
# wget -i urls.lst
Что накачает несем обратно на первую и запускаем по папке с накаченным:
# dpkg -R <directory>

из кеша apt все пакеты можно поставить с помощью dpkg

На форуме Ubuntu была хорошая тема — Вот она
Надеюсь поможет.

Поставьте по-умолчанию CacheDisable.
В конкретном location пропишите CacheEnable.

Nginx?

1. Поставьте mytop
2. Почитайте внимательно логи.
3. Mysql работает на порту? localhost? или на сокетах?

Очень странно — должен ругаться на все соединения с данного хоста.
И если есть проблемы — сначала их надо решать, а то приложение будет блокироваться снова и снова. Как вариант — кто-то перебирает пароли на доступный снаружи mysqld — отфильтруйте соединения снаружи нафиг.
И еще — есть глобальная переменная, которая определяет сколько ошибок до блокировки — можно ее поднять временно.