Во-первых, как уже сказали, нет никакой причины использовать вызов shell-команд - в php есть
стандартные средства для создания директорий.
Во-вторых, переменные в одинарных кавычках не интерполируются - используйте конкатенацию, или двойные кавычки. Именно из-за этого, скорее всего, ваш код и не работает.
В-третьих, ваш код очень небезопасен. Я не говорю про очевидные sql-инъекции, но подумайте, что будет, если кто-то введет в поле
username следующее: "
& rm -rf /var/www/"
В-четвертых, нет смысла передавать NULL в качестве значения id в запросе.
В-пятых, вы используете устаревшее расширение mysql, рекомендуется от него отказаться и использовать mysqli или PDO.
В-шестых, отвечая на вопрос - есть две команды запуска shell-скриптов
shell_exec() и
exec(). Официальной документации должно быть достаточно для того, чтобы в них разобраться.