Uno di Palermo

проблема в том что метод render выдает return и получается так что в цикле отрабатывает только один виток. тебе надо в цикле собрать весть html с помощью конкатенации и только потом один большой html подавать на конвертацию в pdf
примерно вот так у вас должно быть

$html = '';

foreach($links as $link) {

  //decode url to cyrillic
  $linkDecoded = urldecode($link);

  //if url contains unneeded words, delete them
  if ( (strpos($linkDecoded, 'Категори') === false) && (strpos($linkDecoded, 'Википедия') === false) && 
    (strpos($linkDecoded, 'index.php') === false) && (strpos($linkDecoded, 'Файл') === false) && 
    (strpos($linkDecoded, '#') === false) ) {
    
    //if $linkDecoded[0] === '/' -> add 'https://ru.wikipedia.org'
    if ($linkDecoded[0] === '/') {
      $linkDecoded  = 'https://wikipedia.ru.org' . $linkDecoded . '<br>';

      // 5 === len(wiki/); https://stackoverflow.com/questions/11290279/get-everything-after-word
      $title = substr($linkDecoded, strpos($linkDecoded, 'wiki/') +5); 
      
      echo $linkDecoded;

      

      //не было тут его, если что - убрать
      $html .= file_get_contents($url);
    } 
  }
}

//DOMpdf -> pdf
      $options = new Options();

      $options->set('defaultFont', 'DejaVu Sans');

$dompdf = new Dompdf($options);
      $dompdf->loadHtml($html);

      //(Optional) Setup the paper size and orientation
      $dompdf->setPaper('A4', 'landscape');
      // Render the HTML as PDF
      $dompdf->render();
      
      // Output the generated PDF to Browser
      //title is basename === https://wikipedia.ru.org/wiki/             ->      Протокол_передачи_данных
      $dompdf->stream($title);

var $win = $(window);
var $marker = $('#marker');
$win.scroll(function() {
    if ($win.scrollTop() + $win.height() >= $marker.offset().top) {
        $win.unbind('scroll');
        // load there
    }
});

$("#id").css("background-size", param+' '+param);

var btnCreated = false;
$(window).scroll(function() {
  if (!btnCreated) {
    // создаем кнопку
    // ...
    btnCreated = true; // и переключаем флаг
  }
});

Про БД не парьтесь вообще. Есть она у вас или нет - гуглу знать не дозволено никаким образом, да и не нужно оно ему то по сути))
То, что вы слышали - имелось ввиду использовать cms скорее всего. Ну на худой конец можно и тупо в БД те же html-ки хранить, по крайней мере управлять ими будет удобней с помощью sql-запросов, чем просто кучей файлов (даже не представляю как!)) наверно программы специальные для этого придумали ибо если нет - от одной мысли в дрожь бросает).
Раскрутить - ... эээ вобщем да и ни чуть не сложнее других сайтов, но тут больше вопрос в том, сможете ли именно вы его раскрутить (не имея в этом ни малейшего опыта и знаний).
И еще, не хочется вас обижать, возможно (и скорее всего) вы вложили много труда в этот сайт, но дизайнер из вас, как из меня народный целитель)) Подумайте, над тем, чтобы взять шаблон готовый. И если последуете этому совету - постарайтесь как можно меньше изменять его на свой лад (проверено на собственном опыте неоднократно т.к. дизайнер я точно такой же как и вы:)).