Алексей

В целом хранить PHP-код в БД не корректно. MODx, например, страдает этим. Я не знаю куда смотрели авторы.

Корректно хранить данные, опираясь на которые скрипт может менять логику своего поведения.

Ваша задача очень эффективно решается обычным файлом на диске (открытый с запретом lazy writes, либо принудительным flush после каждой записи). Если инструментарий (язык программирования и библиотеки) позволяет - откройте файл маппингом на память.
Индекс для таких запросов не нужен, ведь ячейки можно индексировать примитивно - (x+maxx*y). запрос 100x100 блока превращается в 100 быстрых чтений по 100байт. Если это оправдано, можно хранить не ячейки а блоки 100x100, тогда при чтении будет читаться в 4 раза больше данных но четырьмя чтениями. Но если блок данных экрана влезает в буфер опережающего чтения операционной системы (драйвере файловой системы) то такой метод хранения будет неактуален.

Любой другой метод будет медленный либо по записи (например хранить в базе не ячейки а блоки 100x100, соответственно при запросе блока будут считываться четыре соседних), либо медленный по чтению (хранить по одной записи на ячейку) и не эффективный по месту на диске.

Вы правы, эту задачу действительно уже давно упростили:
хранят расписание в базе данных, а количество занятий узнают запросом вида

select count(id) as 'ok' from tableName where `owner`=:ownerId and (`date` between :lowDate and :hiDate)

А если не возвращаться в прошлый век со всякими mktime и прочими нечитаемыми прелестями, то взять давно уже штатный класс работы с датавременем: www.php.net/manual/en/datetime.createfromformat.php

RoR = Ruby on Rails - это фреймворк.
PHP - это язык программирования.
Вот и всё отличие.

Есть замечательные классы для работы с XML, и не надо мучать регулярки.

$doc = new DomDocument('1.0', 'utf-8');
$doc->loadXml($text);
$xp = new DomXPath($doc);

foreach ($xp->query('//src') as $src_node) {
    $pre_node = $doc->createElement('pre');
    $pre_node->appendChild($src_node);
    $src_node->parentNode->replaceChild($pre_node, $src_node);
};

$new_text = $doc->saveXML();

select a.id, a.name, count(b.id) from users a
left join articles b on b.user_id = a.id
group by a.id, a.name

вот как отрабатывает

Невозможно. Есть два альтернативных варианта :
1) MessageBoxButtons. Можно задать 6 вариантов кнопок которые будут при MessageBox.Show(), и использовать их. Но кнопок там максимум три выйдет, да и текст будет стандартный.
2) Использовать CustomMessageBox :

var myMessageBox = new CustomMessageBox();
myMessageBox.ShowDialog();

Во втором варианте можно и свой класс - наследник Form создать со всем нужным, для него тоже должен ShowDialog() работать.

Плагин для jQuery не забудьте написать для этого.

вопросы всё дурнее и дурнее

Используйте итераторы:

$iterator = new RegexIterator(
    new DirectoryIterator(
        $dir2,
        FilesystemIterator::KEY_AS_PATHNAME
        | FilesystemIterator::CURRENT_AS_FILEINFO
        | FilesystemIterator::SKIP_DOTS
    ),
   '~[^a-d]~'
);

foreach ($iterator as $file_info) {
    $filename = $file_info->getBasename();
};