Про то что все современные файловые системы в linux умеют расширяться вам уже написали, т.е. меняешь размер раздела а после заставляешь файловую систему занять все пространство раздела... к сожалению делать это на лету почти всегда невозможно, т.е. требует размонтировать раздел (или хотя бы перевести его в readonly режим)
Настоятельно не рекомендую держать данные приложения и корневую файловую систему ОС на одном разделе, это нормальная практика, отделять - работающую систему отдельно от основного приложения, иначе это создаст ряд ограничений, хотя бы по изменению размера в будущем - сравни перезапустить всю ОС (да еще и другую ее копию) или просто остановить приложение на время обслуживания.
Еще момент, некоторые файловые системы, например btrfs/zfs, умеют на лету! добавлять (и удалять) диски к пулу, и не обязательно это должен быть raid, возможно простое объединение пространств дисков, даже без чередования. Собственно btrfs я бы и рекомендовал использовать, даже не смотря на его нестабильный
статус (так как все его проблемы касаются вещей, которые можно не использовать, например raid56)
p.s. Во всех современных ос есть символические линки, позволяющие обойти ограничения неудачно спроектированных приложений
т.е. в момент, когда тебе требуется больше места, ты подключаешь новый диск или новый раздел, раскидываешь файлы с помощью символических линков.
Да, существуют странные приложения, которые проверяют что файлы не являются линками (либо делают обновление файла его перезаписью, что удаляет симлинк и создает новый файл на текущем диске) или же разработчики по глупости вообще решают все хранить в одном большом контейнере, вынуждая администраторов ломать голову, как этот бред поддерживать... всякое бывает, симлинки не всемогущий инструмент.