C:\Program Files\Sublime Text 3\Packages\Color Scheme - Default.sublime-package
вытаскиваешь файл со своей схемой, там меняешь цвет в:<key>lineHighlight</key>
<string>#3A312C</string>
C:\Users\YouUserName\AppData\Roaming\Sublime Text 3\Packages\YouThemeName