Делаете свойство ьипа привязка к эл. инфоблока и настраиваете его на инфоблок с товарами. Далее в result_modifier или в своем компоненте по ID товаров получаете их разделы и сортируете по разделам. Должно получиться, что то вроде
/apply/ я бы не советовал, т. к. закроете все фильтры, а вот /clear/apply/ закрывайте смело, т. к. это означает для битрикса очистить параметры фильтра, читай покажи страницу каталог без всяких условий, отсюда дубль основной страницы.
Инпут формируется функцией, скрытой в недрах ядра. Чтобы изменит её поведение придётся как минимум компонент переопределять. Лучше вывод в preg_replase передать и регулярками заменить/дописать, что нужно.
Можно в сообщении об успешной отправке сделать кнопку подтверждения редиректа. Можно отключить редирект на бекэнде и делать редирект на фронтенде, javascript-ом
Точка с запятой в начале строки в php.ini означает комментарий. Уберите точку с запятой в указанной вами строке и перезапустите сервер. Кажется в wamp даже кнопка соответствующая есть.