Сам спросил, сам ответил.
https://github.com/dotnet-architecture/eShopOnCont...
и вот https://github.com/gothinkster/aspnetcore-realworl...

Мне понравился такой ответ:
Будет ли API использоваться другими службами или он предназначен для внешнего интерфейса (например, маркетинговый сайт, мобильное приложение, третье лицо и т. д.).

Оба способа могут работать, но в этом случае отдельный поддомен разделил бы проблемы.

Если серверная часть специфична для приложения, я бы оставил ее в основном домене.