man apt-get
autoremove
autoremove is used to remove packages that were automatically
installed to satisfy dependencies for some package and that are no
more needed.

Действует на основании зависимостей. Если пакет ставился по зависимостям от другого, который уже удален, то программа помечает его доступным для autoremove. Примерно то е самое происходит со старыми ядрами. N версий считаются актуальными, остальные (более старые) подлежат удалению.

Какая именно видеокарта вас интересует?
Со встроенной графикой Intel все +- норм, с Nvidia тоже (за исключением редких интегрированных чипов). Про Amd ничего хорошего сказать не могу. Насколько я помню, с ними всегда было тяжело. Дистрибутив - для начала попробуйте Ubuntu. Дальше уже сами определитесь методом проб и ошибок.

Возьмите внешний ssd, если размеры не сильно важны.
Бывают готовые, а можно просто взять ssd нужного размера и для него usb3 бокс.

Возьмите простенький NAS на два диска и сделайте зеркалирование