Дмитрий

ssh клиент перебирает ключи и не может их получить.

debug1: key_load_public: No such file or directory

Проверяйте права на файлы/папки

У меня работает подобная система. Даже здесь вопрос задавал в поиске лучшего решения. Пока что все так же меняю по гарантии флешки как только они помирают. Без особых вмешательств в ее работу в виде всякого тюнинга на запись/чтение, флешки живут от нескольких месяцев до полутора лет. Главное не ставить одинаковые модели одновременно, потому что и умирать они будут, скорее всего, в один день. Пока что самые надежные из дешевых - Silicon Power Marvel M01.
usb2 - очень грустно, с usb3 жить можно вполне неплохо. Если есть место для дополнительного диска или есть другие варианты - лучше без флешек.

По скрину видно загрузку по диску + 1 зомби процесс. Думаю стоит начать копать с этой стороны. И не совсем понятно с какого перепугу ntpd попал в вывод. Уж его то там не должно быть точно. Атака на ntp, наскол ко я помню, пользовалась популярностью не так давно.
Попробуйте проанализировать трафик на внешнем интерфейсе.

https://www.dropbox.com/help/desktop-web/linux-commands
dropbox file status

Кажется вам нужны PCQ очереди и правильное нарезание на подсети.

Если мне не изменяет память, то raspbian изначально позволяет подключаться по ssh и производить установку.

https://ru.wikipedia.org/wiki/Inotify

/var/log/yum.log там должны быть записи по датам.
grep-айте по нужной дате.
У меня они в формате

Feb 27 05:49:43 Installed: extjs-2.2-1.noarch

Значит подойдет
grep "`date --date='17 days ago' +'%b %d'`"

stackoverflow.com/questions/13756800/how-to-downlo...
Поднимите виртуалку с голым debian7 и сделайте
aptitude clean
aptitude --download-only install
Все скаченное будет лежать в /var/cache/apt/archives/*.deb
Копируете на конечную машину и ставите.
Вот еще второй вариант гуглится так же за пару секунд https://superuser.com/questions/876727/how-to-down...